Все события в игре лишь косвенно связаны с одноимённым фильмом. После шторма корабль главного героя (Натаниэль Хаук) прибывает в английскую колонию «Оксбэй». Там необходимо заработать деньги, починить корабль, продать товары и нанять матросов. Как только герой выйдет в море, колонию захватит французский флот. Натаниэль уплывает на Редмонд, где докладывает губернатору о происшедшем. Губернатор приказывает ему разведать обстановку в захваченном городе. Прибыв туда, герой заходит в таверну, разговаривает с офицером, спаивает его и уводит в джунгли. От офицера Натаниэль узнаёт, что к французам вскоре должны прибыть подкрепление и амуниция. Герой отправляется в Редмонд и докладывает обо всём губернатору. Получив скромное вознаграждение, Натаниэль отправляется в Фале де Флёр (там находится барк со снаряжением для французев). Позже он его топит. Закончив с противостоянием французам, Натаниель начинает выполнять прочие задания на губернатора. Позже Натаниель узнаёт, что губернатор Рэдмонда использовал его в своих корыстных целях. Тогда он предаёт губернатора, объявляет себя пиратом и сюжет от заданий губернатора переходит на поиск сокровищ и путешествий по храму инков. В храме инков ему придётся сражаться с живыми скелетами, найти таинственный артефакт, который поможет ему справиться с Чёрной жемчужиной. В конце герой сразится с ней. Кроме основного квеста поисков сокровищ, выполнения заданий губернатора, в игре есть много дополнительных квестов:

* помощь церкви (оправдание невиновного священника в колонии Гринфорд, сопровождение кораблей, доставка таинственных писем, борьба с сатанинскими сектами.
* Поиски похищенных детей (квест связан с борьбой с сатанистами)
* Спасение дочери Тоффа (На Дувезене, в таверне сидит мужчина у которого похитил дочь один корсар, вернув дочь этому человеку, можно получить саблю Николаса Шарпа.
* В игре также много других квестов.

Скриншоты: